从祖师顶一路下山后来到玉莲洞，玉莲洞原名“肝花洞”。但实则无洞，只是一面悬崖，悬崖高数百米，典型喀斯特地貌，主要成分为石灰岩，石灰岩经水冲刷，经年累月，滴成倒垂的天然莲花，所以称之为“玉莲洞”。

玉莲洞始建于元代，后来邱机处在这里创建了全真教龙门派，因此玉莲洞成为了全真教龙门派的发源地。玉莲洞依然保留着两通石碑，上面记载着龙门派创立的史料。

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让人很惊讶的是，这些道观竟然修在悬崖之下。道路比较狭窄，亭台楼阁是由石头建造成的，条件比较艰苦。这种依托地形而建的建筑，再一次彰显了祖先的智慧。

玉莲洞内有三清殿和丘祖殿，三清殿是一座木石结构的悬山顶建筑。在房檐下，挂着火红的灯笼，门口插着不知名的旗子，随处可见“道法自然”的经幡在风里飘动。